Kallion kirkko kuuluu arkkitehti Lars Sonckin merkittävimpiin luomuksiin. Valitettavasti vuonna 1912 kirkkoon valmistetut saksalaiset urut eivät myöhempine korjauksineenkaan yltäneet arkkitehtuurin tasolle.

Vuonna 1987 Kangasalan Urkurakentamo rakensi kirkkoon kuoriurut, joissa urkujenrakentajat toteuttivat uusia oppejaan, joita olivat kartuttaneet tutkiessaan kuuluisia historiallisia soittimia. Kallion kuoriurkujen esikuvat ovat hollantilaisessa ja pohjoissaksalaisessa barokkitraditiossa. Ensimmäistä kertaa nyky-Suomessa käytettiin vanhoja urkurakennustapoja, kuten umpipuusta tehtyä urkukaappia, joka toimii kuin todellinen  kaikupohja. Yksinkertainen ja herkkä ns. riippuva koneisto auttaa suuresti urkuria hienosyisen artikulaation toteuttamisessa. Ilmansyöttö tapahtuu kiilapalkeen avulla, ja sen ansiosta sointi on tasapainoisen elastista. Pillistö on valmistettu hyvin lyijypitoisesta materiaalista, mikä vaikuttaa instrumentin vokaaliseen sointikarakteeriin. Yhdessä ns. hyvän virityksen kanssa tämä kaikki tekee oikeutta ennen kaikkea barokin ajan ohjelmistolle.

Vuonna 1995 Kallion kirkko sai ruotsalaisen urkurakentamon Åkerman & Lundin valmistamat pääurut. Soittimessa on 48 äänikertaa jaettuna kolmelle sormiolle ja jalkiolle. Fasadin perustana on vuoden 1912 kansallisromanttinen julkisivu. Uusien urkujen soinnillinen rakenne pohjaa ranskalais-romanttiseen traditioon. Tämä urkutyyppi on lajissaan ensimmäinen maassamme. Sinfoninen sointi muistuttaa suurta orkesteria. Se on perussävelpainotteinen, ja sille on ominaista kolmen tärkeän äänikertaryhmän kontrastit ja yhteissointi (huilut, viuluäänikerrat ja monet värikkäät kieliäänikerrat). Ensimmäisellä sormiolla on myös täydellinen prinsipaalikuoro ( montre 16’ - plein jeu 7x). Lisäksi on värikkäitä yläsäveläänikertoja. Urkujen kaikki pillistöt on jaettu kahteen osastoon: perusäänikertoihin ja forteäänikertoihin, joista forteäänikerrat voidaan rekisteröidä etukäteen ns. appel-systeemiä käyttäen (jalkapoljinjärjestelmä, jolla ulosvedetyt äänikerrat voidaan aktivoida). Sekä soitto- että rekisterikoneisto ovat mekaanisia. Ensimmäinen ja kolmas sormio on kuitenkin varustettu ns. barker-koneella. Näin yhdistyy perusajatus pneumaattisesta ja mekaanisesta koneistosta ihanteellisella tavalla. Ilmamantolaitteet (12 suurta paljetta), soittopöydän  muotoilu, pillien järjestys, pillien mensurointi ja äänitys tehtiin romanttisen tyylin  mukaisesti. Paitsi erinomaisena liturgisena soittimena, Kallion kirkon uudet urut ovat omiaan sellaisten säveltäjien musiikin esittämiseen kuin esimerkiksi  César Franck, Louis Vierne, Camille Saint-Saens, Alexandre Guilmant ja Charles Marie Widor.